La fusion mène le club en Division 2 pour la saison 1988-1989, mais il retombe en Division 3 et dépose le bilan dans la foulée en 1990. Le club repart, après accord de la FFF, au premier niveau régional (Division d’Honneur), sous le nom de Clermont Foot. Ain Sud Foot est finalement éliminé par le FC La Vallière (3 à 3, 5 à 4 aux tirs au but) au tour suivant. Chabbert est une dernière fois mis à l’épreuve par Diallo qui oblige le gardien à boxer sa frappe lointaine. L’équipe terminera à la troisième place et sera éliminée en 1/4 de finale de la Coupe de l’UEFA par Göteborg. Le 12 septembre 2021, elle joue son 400e match avec l’OL, lors de la rencontre face au Dijon Football Côte-d’Or, match comptant pour la troisième journée de championnat. Ce titre permet alors à l’Inter de figurer au troisième rang des clubs les plus titrés en championnat, avec treize titres.

En championnat, les adversaires furent nombreux, mais aucun à la hauteur : Naples des Sivori et Altafini perd à la treizième journée, le Milan, second à un point à la mi-championnat, s’écroule lors de la phase retour et Bologne, ressuscité après une crise initiale, eu un espoir en égalisant contre la Juventus, pendant que l’Inter battait la Lazio et gagnait son étoile, symbole de dix titres de champion. Pourtant victorieux 2-0 au match aller, les Espagnols l’emportent au retour 3 à 0. Cette élimination est marquée par une polémique en raison du jet d’une bouteille en verre qui aurait touché Bergomi durant le match. La saison 1983-1984 est plus difficile puisqu’elle commence par 3 défaites consécutive en championnat et une élimination précoce en coupe d’Italie. Adidas Le ballon est habillé de quatre triangles colorés, inspirés de la culture sud-africaine, qui reposent sur un fond blanc. C’est l’année du Périple Rouge et Blanc. Le rouge et le bleu, omniprésents dans les logos, sont les couleurs du club.

Ceci permet au club de réaliser une magnifique saison en parvenant à finir 4e de la Liga, et en battant Osasuna en finale de la Copa del Rey, sur des buts de Ricardo Oliveira et Dani. La saison 1983-1984 voit l’arrivée de Lucien Muller aux commandes de l’équipe première, dont la saison aura un goût d’inachevé. À l’été 1988, l’Inter enregistre l’arrivée de trois joueurs majeurs : Lothar Matthäus, Andreas Brehme et Nicola Berti. Le mercato enregistre également l’arrivée de l’expérimenté défenseur argentin Daniel Passarella en provenance de la Fiorentina. Il défend les couleurs des Nerazzurri pour la première fois lors d’un match de pré-saison en juillet 2017 et il dispute son premier match de Serie A le 20 août 2017 par une victoire des siens à domicile 3-0 face à la Fiorentina. Après une défaite face à Brescia lors de la première journée du championnat, l’équipe de Trapattoni enchaîne une série de 13 matchs sans défaites et font la course au titre avec la Napoli et la Juventus. L’équipe enchaine une série de 15 matchs sans défaites avant de s’écrouler dans le dernier tiers du championnat. De 1938, date des premiers matchs en championnat, à la fin des années 1960 les oppositions entre ces clubs ne sont régies par aucune rivalité particulière.

En 1967, l’Inter arrive à la fin de la saison en tête au championnat et va en finale de la Coupe des Champions mais en trois jours il perd tout : le trophée continental va au Celtic qui gagne 2-1 et le titre de champion revient à la Juventus, après avoir perdu la dernière journée de championnat contre Mantoue 1-0 à cause d’une erreur du portier Sarti et des parades retentissantes d’un jeune gardien, Dino Zoff. L’équipe atteint les 1/2 finales de la Ligue des champions après avoir éliminé le FC Valence. De retour à l’AS Monaco, il est à nouveau prêté au SC Bastia en Ligue 2. Il inscrit son premier but pour le club bastiais le 14 septembre à Libourne Saint-Seurin. Les années qui ont suivi la finale de la Ligue des Champions 1972 ont vu l’équipe – aux prises avec un changement de génération – entrer dans une période sensiblement terne, avec des saisons mitigés malgré le retour temporaire d’Helenio Herrera sur le banc. En Coupe Intercontinental, les Champions de l’Europe affrontent encore une fois l’Independiente, après avoir gagné 3-0 à Milan, l’Inter fait match nul et vierge à Buenos Aires. Mais Zangezino doit remplacer son père pour distribuer le courrier le jour même d’un match décisif contre les Lamas de Bolivie.